Clarke'ın dine bakışı biraz karışık olsa da eserlerinde dinsel ve ruhsal öğelere yer verir. "Bilgiye giden her yol Tanrıya veya gerçeğe giden yoldur." demiştir. Clarke kendisini "Tanrı konseptiyle büyülenmiş" biri olarak tasvir eder. Kraliyet Hava Kuvvetleri'ne girdiği zaman köpeğine İngiltere Kilisesi yerine Panteist tasması takılmasını istemiştir. 2000 yılında Sri Lanka gazetelerinden birine verdiği röportajda "Tanrıya veya ölümden sonraki hayata inanmıyorum." demiş ve kendini ateist olarak tanımlamıştır. Clarke'a International Academy of Humanism tarafından hümanizm ödülü verilmiştir. Clarke ayrıca kendisinin "gizli Budist" olduğunu belirtmiş ve Budizmin din olmadığını ifade etmiştir. Gençlik yıllarında dine çok az alaka göstermiştir. Hatta evlendikten birkaç ay sonra eşinin sıkı bir Presbiteryen olduğunu öğrenmiştir.
Clarke, Alan Watts ile yaptığı söyleşide; dinleri bunca zaman savaşları ve zulümleri durduramadıkları için affetmediğini söylemiştir. Cenaze töreniyle alakalı bıraktığı vasiyette: "Cenazemde kesinlikle dini herhangi bir tören düzenlenmesin." demiştir.
