Descartes genellikle doğa bilimlerini geliştirmek için aklın kullanılması gerektiğini vurgulayan ilk düşünce insanı olarak tanınır. Onun için felsefe bilgiyi somutlaştıran bir düşünce sistemiydi ve bunu şu şekilde ifade etti :
“ Tüm felsefe bir ağaç gibi olduğundan; metafizik kök, fizik gövde, ve diğer bilimler bu gövdeden dallanan dallardır, bu dallar üç ana başlığa indirgenebilir : Tıp, mekanik ve etik. Ahlakın bilimiyle, bilgeliğin son derecesi olan, diğer bilimlerin en yüksek ve en mükemmel bütün bilgisini anladım.”
Onun Metot Üzerine Konuşma’sında, herhangi birinin şüphe olmadan, gerçek olarak bildiği temel prensiplere varmaya çalışır. Bunu başarmak için hiperbolik/metafizik şüpheyi, bazen metotolojik şüphecilik olarak adlandırılan metodu kullanır: şüphelenilebilecek herhangi bir düşünceyi reddeder ve onları gerçek bilgi için sağlam dayanak elde etmekle yeniden kurar.
Başlangıçta, Descartes sadece tek bir prensibe varır: düşünce vardır. Düşünce ben'den ayrılamaz, dolayısıyla, ben varım.(Metot Üzerine Konuşmalar ve Felsefenin İlkeleri) Ünlü cümlesi cogito ergo sum (“Düşünüyorum, öyleyse varım”) bu ilke üzerinedir. Dolayısıyla, Descartes eğer şüphe duyarsa, herhangi bir şey ya da herhangi biri şüphelenebilir ve kendi varoluşundan şüphelenmiş olur. “Bu söz öbeğinin basit anlamı eğer biri varoluşundan şüpheliyse, bu edimin kendisi onun var olduğunun kanıtıdır.”
Descartes düşündüğü için varoluşunun kesin olduğu kanısına varır. Fakat ne biçiminde ? Bedenini duyu kullanımı aracılığıyla algılar; fakat, duyular kimi zaman güvenilmezdir. Dolayısıyla Descartes kendisinin düşünen bir şey olduğunu kesin bir şekilde ifade eder. Düşünmek, ne yaptığıdır ve gücü özünden gelmelidir. Descartes düşünceyi (cogitatio) “hemen bilincimde olduğum, içimde ne olduğudur ve bunun da farkındayımdır.” Dolayısıyla düşünme edimi insanın hemen bilinçli olduğu her aktivitedir.
Descartes duyuların limitlerini göstermek için mum argümanını kullanır. Bir mumu ele alır, duyuları onu mumun kesin karakteristiği ile ilgili bilgilendirir; şekli, dokusu, boyutu, rengi ve kokusu gibi. Mumu ateşe doğru tuttuğunda, bu karakter özellikleri tamamı ile değişir. Fakat, görüldüğü üzere, hala aynı şeydir: duyuları onu farklı bir şekilde bilgilendirse de, o hala aynı mumdur. Dolayısıyla mumun doğasını uygun bir şekilde kavraması için, duyularını bir kenara bırakmalı ve aklını kullanmalıdır. Descartes şu sonuca varır:
“Ve dolayısıyla, gözlerimle gördüğümü düşündüğüm aslında aklımdaki muhakeme yeteneği ile kavrandı.”